Melchior Schoenmakers startte zijn profcarrière bij Heerenveen. Na eerst een aantal jaren in de reserve-elftallen te hebben gespeeld maakt Schoenmakers in 1994 zijn debuut voor Heerenveen. Drie seizoenen en 30 wedstrijden later vertrekt de verdediger naar FC Groningen om meer zekerheid te kunnen krijgen.

Na zeven seizoenen Groningen verhuist Schoenmakers naar BV Veendam. Een jaar later zou hij die club weer verruilen voor FC Emmen en inmiddels is de voormalige jeugdinternational een vaste waarde in het elftal van Go Ahead Eagles.