John de Jong speelde het seizoen 2002-2003 op huurbasis voor SC Heerenveen. Bij PSV was de middenvelder op een zijspoor geraakt en daarom mocht hij zijn geluk (tijdelijk) gaan beproeven in Heerenveen. Iets wat achteraf gezien redelijk gelukt is. De Jong speelde in totaal 27 wedstrijden waarin hij 9 keer zou scoren. Hoewel Heerenveen de Jong wel wilde behouden moest de Jong terugkeren naar Eindhoven.

Het seizoen daarop behoorde de middenvelder bij PSV wél tot de vaste kern en mocht hij 29 keer opdraven in het eerste elftal. Het seizoen daarna werden het er 15 maar zijn het diverse blessures die de middenvelder meer speeltijd ontnemen. Tijdens het seizoen 2005-2006 en komt de Jong zelfs helemaal niet meer in actie. Het seizoen erop loopt het contract van de Hagenees af maar PSV besluit de onfortuinlijke speler nog een jaar de kans te geven.

In 2008 besluit John de Jong definitief een einde te zetten achter zijn voetbalcarrière.