Arjan Ebbinge wordt in 2000 van BV Veendam overgenomen als vervanger voor de vertrokken Mitrita. Vanwege blessures en aanpassingsproblem maakt Ebbinge notabene zijn debuut in de CL-wedstrijd tegen Valencia.

Ondanks dat de Groninger in die wedstrijd een goede indruk achterlaat weet hij in de rest van zijn periode bij Heerenveen zichzelf niet onmisbaar te maken. In 2002 wordt de verdediger eerst nog verhuurd aan Helmond Sport, het seizoen daarop mag Ebbinge van Heerenveen transfervrij vertrekken naar NEC Nijmegen.

Tijdens het seizoen 2005/2006 komt Ebbinge als speler van RBC wereldwijd in het nieuws. Bij een ogenschijnlijk lichte botsing met Utrecht-verdediger Tim Cornelisse loopt Ebbinge een scheurtje op in zijn dunne darm. In de drie weken daarna wordt Eppie in een kunstmatige coma gehouden en ondergaat hij verschillende operaties. Er wordt zelfs even gevreesd voor het leven van de verdediger maar gelukkig komt Ebbinge er weer bovenop.

Toch wil RBC niet verder met hem gaan en maakt hij het seizoen erop de overgang naar FC Den Bosch, waar hij wel basisspeler is.