Mika Väyrynen debuteerde op 17-jarige leeftijd voor het Finse FC Lathi, dat uitkwam in de hoogste Finse voetbalcompetitie. De middenvelder werd na twee seizoenen overgenomen door FC Jokerit. Een jaar later contracteerde SC Heerenveen Väyrynen.

Bij Heerenveen speelde de Fin vier jaar. In 2005 nam PSV Väyrynen over voor enkele miljoenen, maar bij de Eindhovenaren weet de middenvelder, die 36 interlands voor Finland speelde, vanwege vele blessures geen basisplaats te veroveren.

In de zomer van 2008 stond Väyrynen lange tijd in de belangstellingen van het Belgische Club Brugge, maar de middenvelder verkiest een terugkeer, vlak voor het sluiten van de transfermarkt, naar Heerenveen boven een overstap naar Brugge.

Bij Heerenveen tekende Väyrynen, die de naar Borussia Mönchengladbach vertrokken Michael Bradley moet vervangen, een contract voor drie jaar met een optie voor nog een vierde seizoen.

Aan het begin van het seizoen 2009/10 was de Fin lange tijd uit de roulatie vanwege een knieblessure. Pas in de tweede seizoenshelft was Väyrynen weer inzetbaar.