Danijel Pranjic begon zijn carrière bij NK Ojijek. Vervolgens maakte hij de overstap naar de Kroatische topclub Dinamo Zagreb. SC Heerenveen kreeg Pranjic op de korrel tijdens het UEFA Cup-treffen met de Kroaten, dat in 2-2 eindigde. Heerenveen nam Pranjic in de zomer van 2005 over en betaalde zo’n 500.000 euro.

Bij Heerenveen maakte Pranjic al gauw indruk. De linkerflankspeler was met vele assists wekelijks één van de uitblinkers in het team van coach Gertjan Verbeek. In 2007 verlengde Pranjic zijn contract bij Heerenveen tot 2012.

In de zomer van 2008 speelde de middenvelder als linksback op het EK in Oostenrijk en Zwitserland met Kroatië. Het seizoen 2008/09 voorliep voor Pranjic uitstekend. De Kroaat werd met zestien doelpunten clubtopscorer.

Na het succesvolle seizoen werd Pranjic nadrukkelijk in verband gebracht met het Duitse Bayern München, dat hem na vele onderhandelingen met Heerenveen op 21 juni 2009 definitief overnam van de Friese club. Pranjic tekende een driejarig contract bij de Duitse club.