Goran Popov speelde voordat hij naar SC Heerenveen verkaste voor vele clubs; FK Belasica Strumica, Proodeftiki FC, AEK Athene, Rode Ster Belgrado, Odra Wodzislaw, Egaleo FC en Levadiakos. Alleen bij Egaleo FC hield Popov het langer dan één seizoen uit.

De Macedonische international, die bij Heerenveen begon aan zijn achtste club, raakte in januari 2009 in opspraak. Popov zat na het gewonnen duel tegen Ajax (0-1) 's nachts in het centrum van Heerenveen met te veel drank op achter het stuur. Bovendien reed hij met twee lekke banden op de verkeerde rijbaan.

Binnen de lijnen deed Popov het vooral in de tweede seizoenshelft uitstekend. De Macedoniër bekroonde zijn seizoen met de bekerwinst. In de finale tegen FC Twente scoorde Popov de openingstreffer. In het seizoen 2009/10 was Popov lange tijd een vaste basisspeler.

Onder interim-coach Jan Everse verloor Popov echter zijn basisplaats. 'Ik denk dat het bij hem niet een kwestie van niet willen is, maar van niet kunnen', zei Everse april 2010. De nieuwe coach Ron Jans zag het ook niet zitten in de Macedoniër, die op 9 juni 2010 naar het Oekraïense Dinamo Kiev verkaste.